设施
生态实验室, 进化和保护遗传学(LEECG)是一种分子遗传学设备，能够处理从DNA提取到测序的大多数样品类型, 微卫星基因分型或实时聚合酶链反应 DNA定量.
我们的设施包括一个实验室，专门用于低质量的DNA样本类型，包括粪便, 头发和水生环境DNA样本. 高质量的DNA样本类型, 比如血液、植物或动物组织, 在另一个与低质量DNA实验室分开的实验室空间进行处理. 我们的毛细管电泳设备可以处理片段分析和测序应用的聚合酶链反应产品. 最后，我们有一个设备齐全的计算机实验室进行数据分析.
低量DNA提取和聚合酶链反应设置
当处理少量DNA样本时，污染是一个严重的问题. LEECG拥有一个实验室，致力于与我们的其他DNA设施在空间上分离的低数量DNA样本. 在这个实验室里，我们使用:
- 紫外线杀菌
- 吸量管
- 耗材
- 10%漂白剂溶液
- 所有工作台表面
- 样品架
- 离心机
- 热块
所有DNA提取和聚合酶链反应反应均通过纳入阴性对照来监测，以检测试剂的污染.
任何形式的高质量DNA提取物或聚合酶链反应产品都不允许进入本实验室.
所有这些措施都有助于减少少量DNA样本的污染.
LEECG的数据收集包括分析大量的DNA样本，如血液和植物或动物组织. DNA提取与聚合酶链反应产物分开. 本实验室使用紫外线灯和10%的漂白剂溶液进行消毒. 本实验室的所有设备都用于提取高质量的DNA样本.
聚合酶链反应
LEECG可以处理高水平的聚合酶链反应吞吐量:
- 1 MJ四元DNA引擎热循环与6个独立可编程块
- 3个单块热循环器(2个MJ PTC-100和1个MJ PTC-200)
实时聚合酶链反应
7500快速实时聚合酶链反应机可用于各种应用，包括:
- 环境DNA检测
- 病毒检测和定量
毛细管电泳
LEECG维护两个来自生命技术/应用生物系统的3130xl基因分析仪. 两台机器提供灵活性，同时具有36cm阵列用于短读测序和片段分析，80cm阵列用于长读测序.
一系列片段分析和DNA测序数据分析可以在计算机实验室进行. 处理后的数据用于:
- 物种鉴定
- 独特个体的识别
- 猎物识别
- 通过对咬伤处唾液的法医分析来检测捕食者
- 通过环境DNA检测入侵物种
- 确定一个物种的进化历史的系统发育分析
- 亲子关系分析
- 种群间的基因流动
- 杂交鉴定